Pengadilan Agama Labuha adalah Pengadilan Agama yang merupakan Pengadilan Tingkat Pertama yang berkedudukan di kabupaten Halmahera Selatan, Propinsi Maluku Utara, Yaitu:
  1. Kecamatan Bacan
  2. Kecamatan Obi
  3. Kecamatan Sanana
  4. Kecamatan Sulabesi
  5. Kecamatan Mangoli
  6. Kecamatan Taliabu

Wilayah hukum Pengadilan Agama Labuha merupakan wilayah kepulauan, yaitu sekitar ¾ wilayahnya adalah lautan, dengan batas-batas sebagai berikut:

  1. Utara : Wilayah Kota Ternate dan Tidore serta Sulawesi Utara
  2. Timur : Wilayah Kabupaten Raja Ampat dan Sorong Propinsi Papua Barat
  3. Selatan : Wilayah Pulau Buru Kabupaten Laut Banda Propinsi Maluku
  4. Barat : Wilayah Kabupaten Banggai Kepulauan Sulawesi Tengah

Wilayah hukum Pengadilan Agama Labuha meliputi 3 (tiga) wilayah Kabupaten Pemekaran yaitu:

  1. Kabupaten Halmahera Selatan yang tebagi dalam 30 (tiga puluh) kecamatan, yaitu :
    1. Kecamatan Obi Selatan
    2. Kecamatan Obi
    3. Kecamatan Obi Barat
    4. Kecamatan Obi Timur
    5. Kecamatan Obi Utara
    6. Kecamatan Bacan
    7. Kecamatan Mandioli Selatan
    8. Kecamatan Mandioli Utara
    9. Kecamatan Bacan Selatan
    10. Kepulauan Batang Lomang
    11. Kecamatan Bacan Timur
    12. Kecamatan Bacan Timur Selatan
    13. Kecamatan Bacan Timur Tengah
    14. Kecamatan Bacan Barat
    15. Kecamatan Kasiruta Barat
    16. Kecamatan Kasiruta Timur
    17. Kecamatan Bacan Barat Utara
    18. Kecamatan Kayoa
    19. Kecamatan Kayoa Barat
    20. Kecamatan Kayoa Selatan
    21. Kecamatan Kayoa Utara
    22. Kecamatan Pulau Makian
    23. Kecamatan Makian Barat
    24. Kecamatan Gane Barat
    25. Kecamatan Gane Barat Selatan
    26. Kecamatan Gane Barat Utara
    27. Kecamatan Kepulauan Joronga
    28. Kecamatan Gane Timur
    29. Kecamatan Gane Timur Tengah
    30. Kecamatan Gane Timur Selatan
  2. Kabupaten Kepulauan Sula yang meliputi 12 (dua belas) Kecamatan, yaitu :
    1. Kecamatan Sanana Ibu Kota Sanana
    2. Kecamatan Sanana Utara Ibu Kota Pohea
    3. Kecamatan Sulabesi Tengah Ibu Kota Waiboga
    4. Kecamatan Sulabesi Timur Ibu Kota Baleha
    5. Kecamatan Sulabesi Barat Ibu Kota Kabau
    6. Kecamatan Sulabesi Selatan Ibu Kota Fuata
    7. Kecamatan Mangole Tengah Ibu Kota Mangole
    8. Kecamatan Mangole Timur Ibu Kota Waitina
    9. Kecamatan Mangole Utara Ibu Kota Falabisahaya
    10. Kecamatan Mangole Selatan Ibu Kota Buya
    11. Kecamatan Mangole Utara Timur Ibu Kota Waisakai
    12. Kecamatan Mangole Barat Ibu Kota Dofa
  3. Kabupaten Taliabu yang meliputi 8 (delapan) Kecamatan, yaitu :
    1. Kecamatan Taliabu Barat Ibu Kota Bobong
    2. Kecamatan Taliabu Utara Ibu Kota Gela
    3. Kecamatan Taliabu Selatan Ibu Kota Pancado
    4. Kecamatan Taliabu Timur Ibu Kota Samuya
    5. Kecamatan Taliabu Barat Laut Ibu Kota Ngele
    6. Kecamatan Taliabu Timut Selatan Ibu Kota Losseng
    7. Kecamatan Lede Ibu Kota Lede
    8. Kecamatan Tabona Ibu Kota Tabona